Preuve en est la tentative d’annexion par le shogun Toyotomi Hideyoshi. La bureaucratie chinoise ne voit pas d’un très bon oeil les manoeuvres japonaises et en 1603, une expédition est organisée dans le but de chasser les pirates japonais installés dans l’île: l’opération est un succès, les Chinois parvenant à conquérir Formose.

C’est à partir de 1612, c’est à dire quelques années après la conquête chinoise que le terme de Taïwan est officiellement utilisé dans les écrits chinois pour désigner l’île.

S’ensuit un début d’immigration de paysans chinois venus afin de s‘installer dans les riches plaines de l’île. Mais au même moment, d’autres puissances, extra-asiatiques celles-ci, commencent à s’intéresser de près au sort de Taïwan.

Ainsi, ce sont les Européens qui tentent de s’installer à Formose. De manière plus précise, trois puissances économiques et militaires tentent le pari taïwanais. En effet, les Portugais, les Espagnols et les Hollandais prétendent à sa domination .
Les Portugais sont, durant une courte période, implantés dans l’archipel des Pescadores, mais ils voient rapidement leurs efforts de conquête de Formose réduits à néant.
En revanche, une véritable rivalité voit le jour entre Espagnols et Hollandais suivie de plusieurs guerres. Finalement, les Espagnols ne réussissent à se maintenir dans le nord de Taïwan (notamment à Jilong et Danshui, où ils construisent le fort "San Domingo".
En fin de compte, ce sont les Hollandais qui parviennent à imposer leur domination et à occuper Formose de 1624 à 1661. Les Provinces Unies avaient dans un premier temps tenté de s’octroyer Macao, mais elles durent s’incliner devant les Portugais.
Toujours est-il qu’en 1624, les Hollandais, avec l’aide de la Compagnie Hollandaise des Indes Orientales, construisent trois forts, dont le Fort Zeelandia (actuelle ville de Anping).

Après avoir repoussé les attaques des tribus aborigènes qui peuplent l’île, ainsi que quelques expéditions japonaises, les Hollandais se confortent dans leur position dominante. Ils parviennent même à conclure un accord avec le gouvernement chinois qui tolère leur présence sur le sol de Formose.
Par ailleurs, la Compagnie Hollandaise des Indes Orientales obtient les droits exclusifs du commerce de l’île et commence à importer de l’opium depuis la proche île de Java (qui est alors une colonie hollandaise). De plus, les Provinces Unies encouragent la venue de paysans chinois, ce qui leur permet de mettre en place une véritable politique coloniale. Celle-ci repose sur deux concepts fondamentaux: d’une part, tirer de gros profits du commerce du sucre, de l’indigo et du poisson séché, et d’autre part, de soumettre les populations chinoises de Formose aux taxes et aux corvées. Pour compléter cette politique de soumission, les missionnaires font leur apparition dans le but d’évangéliser et "d’instruire" les Formosans.

"Des maîtres d’école furent placés dans les divers villages voisins de la côte pour instruire les enfants et les adultes dans la région protestante. Dès les premières années de l’occupation hollandaise, les catéchismes et les évangiles furent traduits dans la langue des insulaires. Des églises furent construites de tous côtés, les écoles se multiplièrent, des mariages entre colons et indigènes devinrent fréquents et le nombre des convertis augmenta chaque jour: on dit que plusieurs milliers d’aborigènes embrassèrent alors le christianisme."